Die Kirche in Egenhausen ist wahrscheinlich eine Gründung des Benediktinerklosters Herrieden als Eigenkirche des Fronhofes Egenhausen. Solche Fronhöfe waren Mittel des klösterlichen Landausbaus. Dabei traten bestimmte Klöster als Mittelpunkte auf, z.B. das Stift St. Gumbertus in Ansbach oder das Stift zu Feuchtwangen. Von diesen Mittelpunkten aus wurden vorgeschobene Punkte mit Kirchen und Kapellen besetzt. So auch Egenhausen. Solche Kirchen blieben oft lange ohne bischöfliche Weihe. Erst im Sommer des Jahres 1059 ist die Kirche in Egenhausen geweiht worden – das genaue Datum lässt sich nicht mehr feststellen.

Eine Allerheiligen – Kirche mit einem Allerheiligenaltar und das in einer evangelischen Kirche? Gerade das Gebet zu den Heiligen ist doch einer der Punkte gewesen, an denen man Anstoß genommen hatte in den Auseinandersetzungen der Reformationszeit, einer der Punkte, die man geändert hatte.

So wurde auch der Egenhäuser Allerheiligenaltar zu einem Problem, nachdem die Egenhäuser Gemeinde evangelisch geworden war. Er wurde – man weiß nicht genau wann – aus der Kirche entfernt und erst im Jahr 1897 entdeckte ihn der damalige Pfarrer auf dem Dachboden der Kirche, zusammen mit einer Marienstatue. Beide Kunstwerke wurden im Jahr 1905 nach umfangreichen Restaurierungsarbeiten wieder in der Kirche aufgestellt und können so wieder bewundert werden.